La elevada tasa de fragmentación y pérdida de los hábitats naturales en el Neotrópico ha generado, en gran medida, la disminución de muchas poblaciones de animales, como aves residentes y migratorias, mamíferos, reptiles, anfibios e insectos, por lo que, en los últimos años, algunos científicos han dirigido su atención al potencial que para la conservación de la biodiversidad representan ciertos agroecosistemas, especialmente las plantaciones de café bajo un dosel de sombra mezclada.

En Costa Rica, al igual que en otras zonas de Mesoamérica (donde se cultiva el café), los cafetales son parte de los hábitats presentes dentro de las zonas urbanas -al igual que los jardines y huertos caseros, las márgenes de los ríos, los potreros y muchos parques arbolados. Según lo demuestran diversos especialistas, estos hábitats cumplen, en uno u otro grado, algún rol de conservación de plantas y animales: son sitios para la reproducción de algunas especies de aves residentes (por ejemplo, el Turdus grayi -yigüirro-), de mamíferos (por ejemplo, las ardillas -Scurus variegatoides-), son también sitios de paso, descanso y retorno anual para ciertas especies de aves migratorias (varias especies de reinitas y vireos) y, asimismo, juegan un papel importante como zonas de amortiguamiento entre las áreas de bosque y las destinadas a la agricultura.

La razón biológica por la cual estos hábitats cumplen una función importante en la conservación de biodiversidad es sencilla. Las plantaciones de café con sombra mezclada tienen una estructura vegetativa altamente compleja (variedad y varios estratos arbóreos), lo que produce unas grandes riqueza y diversidad de especies animales: aves, insectos y mamíferos (así lo documentan numerosos investigadores). En tales cafetales, que no son ecosistemas tan complejos como los bosques naturales pero sí ofrecen una mayor complejidad estructural vegetativa que la mayoría de los agroecosistemas compuestos de una o varias especies arbóreas, las plantas de café son acompañadas por una variedad de especies vegetales rastreras, arbustivas y arbóreas (por ejemplo, las leguminosas), generando microclimas variados y permitiendo la coexistencia de gran cantidad de microhábitats (compuestos por epífitas, parásitas, líquenes y musgos, entre otros) que toleran la coexistencia de muchas especies de organismos.

Generalmente, en Costa Rica se identifica tres tipos de sistemas cafetaleros bien definidos: (a) cafetales con sombra tradicional o mezclada: plantas de café en combinación con varias especies de árboles frutales y algunos maderables; (b) plantas de café en combinación con una o dos especies de árboles, generalmente Erythrinas e Ingas, y (c) solo el cultivo de plantas de café, sin ningún tipo de sombra. El sistema con sombra tradicional es muy diferente a los dos últimos, ya que presenta al menos tres estratos arbóreos bien definidos: (1) plantas de café y algunas herbáceas < 2 m, (2) arbustos > 10 m y (3) árboles > 15 m asociados a una variedad alta de especies arbóreas (diversos autores han estimado que cerca de 62 especies arbóreas conviven con el café). A consecuencia de esta variedad de árboles, muchos animales como las aves obtienen su alimento del dosel arbóreo, por la gran disponibilidad de recursos durante la mayor parte del año, incluyendo insectos que son atraídos por árboles tan importantes como las Ingas.

La mayoría de los estudios en el trópico sobre fauna en cafetales con sombra se han centrado sobre las aves migratorias y residentes, y en menor medida sobre insectos y mamíferos. En México, se han registrado 136 especies de aves, 101 en Perú, 73 en Guatemala (23 especies migratorias), 170 en Colombia y 82 en Costa Rica (28 especies de aves migratorias, -según registros del suscrito-). Cabe resaltar la importancia de los cafetales con sombra en Costa Rica, por ser un hábitat muy atractivo para el Turdus grayi (ave nacional del país), lo cual teóricamente les añade más valor ecológico para su conservación.

Los insectos de estos agroecosistemas han recibido atención en los últimos años, en especial las hormigas, debido a que algunas de las especies de la familia de los Formicidos son controladores biológicos importantes de otros grupos de insectos-plaga. El suscrito, en un solo cafetal con sombra mezclada en Costa Rica, registró 322 especies de insectos (sin tomar en cuenta el dosel de los árboles de sombra), de las que el 83% correspondieron a especies con potencial de controladores biológicos. En efecto, en estos cafetales coexisten especies de insectos-plaga y sus predadores y parásitos naturales, manteniéndose la variedad y el equilibrio natural de esas comunidades; pero al eliminarse la sombra desaparecen grupos de insectos importantes para el control biológico, como las hormigas (el 54% de los insectos colectados en un cafetal sin sombra de Costa Rica correspondió a una sola especie, la Culex sp -mosquito-, que es considerada como plaga para el hombre puesto que transmite enfermedades como encefalitis y filariasis). La mastofauna (mamíferos) reportada en Colombia está compuesta de 16 especies (sin tomar en cuenta los murciélagos, organismos vitales para la polinización y dispersión de semillas de muchas especies arbóreas); en México está compuesta de 24 especies, incluyendo animales como tigrillos, pumas y osos hormigueros, y en Costa Rica está compuesta por 15 especies (comadrejas, tigrillos y osos hormigueros) (según resultados de investigación del suscrito).

Otros tipos de hábitats urbanos en Costa Rica que en menor grado han sido estudiados son las márgenes de los ríos. De los que entre éstos están ubicados en la periferia de San José, se tiene datos que muestran su capacidad para conservar ciertos grupos faunísticos como aves (entre 40 y 50 especies), mamíferos (20 especies, incluyendo tolomucos, zorros, ardillas, perezosos, monos congo y murciélagos), además de una considerable variedad de especies de reptiles, anfibios (gekos, iguanas, basiliscos) e insectos (en especial, coleópteros: Sacarabeidae y mariposas: Helicónidos, Hespéridos y Ártidos).

A pesar de su importancia ecológica y social, los cafetales con sombra mezclada afrontan en el país graves problemas: la política de eliminación de la sombra en los últimos 30 años, los bajos precios del grano en los mercados internacionales y -lo que afecta a todo tipo de cafetal- la expansión de las urbanizaciones y la industria -a pesar de que se trata de las tierras más aptas para la agricultura en todo el país. Lo recomendable para mejorar el ambiente dentro de nuestras áreas urbanas, ayudando a conservar hábitats para la vida silvestre y, a la vez, obteniendo mejores precios para el café, es adoptar políticas para acceder a los mercados "ecoamigables" y de justicia social, manteniendo y mejorando la sombra existente dentro de los cafetales (más árboles entre cafetos y más cercas vivas, y conectándolos con remanentes de bosque).